以下画面はPOPoverSSL（ポート番号995）で設定した状態です。
IMAPoverSSLも（ポート番号993）同様に設定可能です。

１．Beckyを起動し、メニューバーの[ツール(T)]をクリックして、[メールボックスの設定(M)…]を選択してください。

２．[基本設定]タブをクリックして、下記のように情報を入力してください。

３．[POP3S]にチェックを入れると、「ポート番号をSSL標準の995に変更しますか？」と表示されますので、[はい]ボタンをクリックしてください。（IMAPSの場合は「993」で設定）

４．[詳細]タブをクリックして[サーバーのポート番号]欄の[POP3]が「995」に変わっていることを確認して、[OK]ボタンをクリックしてください。（IMAPSの場合は993）

以上で設定は完了です。自分のアドレスにテストメールを送信して正常に送受信できるかご確認ください。